De Wikipedia:
"Materia es todo aquello que ocupa un lugar en el espacio. En física y filosofía, materia es el término para referirse a los constituyentes de la realidad material objetiva, entendiendo por objetiva que pueda ser percibida de la misma forma por diversos sujetos. Se considera que es lo que forma la parte sensible de los objetos perceptibles o detectables por medios físicos. Es decir es todo aquello que ocupa un sitio en el espacio, se puede tocar, se puede sentir, se puede medir, etc."
 
Hasta tal punto ha sido importante el concepto de "materia", que durante siglos se ha clasificado a toda corriente filosófica como "materialista" o "idealista" (con todos los matices imaginables).
La primera definía lo real como lo material, y todo lo demas (la consciencia por ej.) como fenomenos superficiales, reflejos de la materia. La segunda, consideraba la materia como una consecuencia última de la "idea".
Esta contradicción ha ido perdiendo fuerza y poco ha quedado del concepto "clasico" de materia, que se opone al de vacio y se asimila al "material" último (o indivisible) de que esta hecho el mundo. Asimilado comunmente a lo "sólido", la física ha perseguido la particula final o indivisible hasta encontrarse con particulas indefinibles e imprecisas, donde un supuesto "vacío" ocupa un lugar predominante..
La desaparicion del concepto de materia tiene su origen en 1912 cuando Einstein reduce masa a energía.
El estudio de las partículas subatómicas, su comportamiento, ahora como partícula, ahora como onda, la dependencia de lo observado con el observador, la imposibilidad de determinación simultánea de la situación y la velocidad de una partícula, todo ello, ha desmontado nuestra antigua visión de la materia. 
La materia, que ha sido por excelencia el punto de referencia de lo "real", ha ido perdiendo su "realidad". Hoy por hoy, conceptos como "energia" han incluso sustituido en nuestro uso cotidiano la importancia de la materia. El final de la materia fue sentenciado por Heisenberg: "los átomos no son cosas".
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Filosofía y Física Cuántica